真菌性角膜炎清刮手術，在臨床上又被稱為角膜病灶切除術或角膜病損切除術。手術大體方法是把被真菌感染的大部分病灶清除，意義在於清除被感染的角膜病灶，減少真菌量，以便進行藥物治療。

通過手術可以把角膜病灶表面壞死組織、膿性分泌物進行清除，以利於藥物滲透，縮短病程，讓患者儘早康復。手術方式創傷比較低，對於輕症或早期真菌性角膜炎患者，臨床建議進行此類手術。同時聯合在角膜基質內注射抗真菌藥物，如氟康唑、伏立康唑，病程會大大縮短，患者可能在切除術後2-3天潰瘍迅速癒合，而且能夠保存有用視力。