新生兒結膜炎常見於順產新生兒及合併有先天性淚囊炎的新生兒，順產時新生兒被產道汙染，可表現為結膜炎症狀。無論是哪種類型的結膜炎，都要迅速帶患兒到醫院進行檢查，醫生根據具體情況給予對症治療，臨床上比較常用的藥物是抗生素眼藥水和抗生素眼藥膏。

如果患者合併有先天性淚囊炎，醫生會教導家長對兒童進行淚囊區按摩及分泌物清潔，推薦使用棉棒、生理鹽水將眼睛周圍的分泌物徹底清除，輔助進行抗生素眼藥水和眼膏治療。