治療肝硬化主要是根據病因採取對症和對因治療，藥物亦是如此。如果是病毒性肝炎引起肝硬化，包括乙肝病毒、丙肝病毒感染，需使用抗病毒藥物進行治療。目前抗乙肝病毒的藥物，首選包括恩替卡韋、替諾福韋。有多種抗丙肝的藥物可將丙肝病毒完全根治，但乙肝病毒只能通過抗病毒藥物抑制病毒複製，無法根治。
若患者已形成肝硬化，則無特殊藥物可將其逆轉，所以主要應針對導致肝硬化的病因進行治療，防止肝硬化進一步加重。除病毒外，飲酒、部分藥物、自身免疫性肝病、嚴重脂肪肝等均可能導致肝硬化。所以需嚴格戒酒，通過飲食控制體重改善脂肪肝。針對自身免疫性肝病，使用調節免疫力及抗纖維化藥物，包括中成藥，對還沒有發展為嚴重肝硬化的患者或早期肝硬化、纖維化患者，有一定治療作用。