小兒動眼神經損傷的預後，和損傷原因以及損傷程度都有關係。

發生小兒動眼神經損傷，早期可以用藥物保守治療，包括營養神經藥物、減輕水腫藥物等。通過藥物治療，多數兒童動眼神經損傷能慢慢恢復。兒童或者青少年因為生命力相對較旺盛，所以恢復的可能性較大，治癒的可能性較大。

如果通過藥物治療，超過六個月患兒的動眼神經損傷之後引起的症狀還不能有效改善，可以進行手術干預，一定要經過藥物治療超過六個月之後無效再進行手術干預。