自身免疫性肝炎患者壽命差別較大，據統計，經過治療且生化反應良好的患者，10年的生存率可以達到80%-93%，而對於肝硬化患者或者失代償期肝硬化患者，生存期可能明顯縮短。所以患者壽命通常與就診時病情狀態，如自身免疫性肝炎的狀態，還是發展到肝硬化甚至失代償期肝硬化。以及對免疫抑制劑的反應是否良好，治療後是否有復發等情況，都會影響自身免疫性肝炎的壽命。

因為失代償期肝硬化的患者，通常免疫功能低下。而且部分患者已經失去激素或者免疫製劑治療的最佳時機，容易繼發感染或者肝功能的失代償，從而出現腹水或者繼發肝性腦病，以及消化道出血、肝腎綜合徵等併發症，也會影響患者的壽命。