自身免疫性肝炎和其他的肝炎之間，在臨床表現上沒有明顯的區別。患者也是有乏力，與肝功能受損的情況輕重有關，同時會伴有食慾減退、厭吃油膩食物。嚴重的患者會有噁心、腹脹、肝區不適或者肝區疼痛，也有些患者會有皮膚、鞏膜的黃染、濃茶水色尿。對於這樣的表現，就要進一步做檢查，不能通過症狀判斷肝損傷的原因。

對於自身免疫性肝炎的患者，做肝臟相關的自身抗體檢查，表現為抗核抗體水平升高，或者抗肝腎微粒抗體水平升高，同時會有免疫球蛋白中IgG水平的升高。這種情況下初步判斷是自身免疫性肝炎，如果診斷得不是特別確切，可以做肝組織的活檢。肝組織病理上，自身免疫性肝炎有特徵性的表現，根據這些特點就可以作出判斷，根據患者的情況，可以給出有效的治療方案。