脊髓栓系需根據其嚴重程度決定預後，單純的脊髓栓係為終絲牽拉所致，如果在症狀很輕的情況下做手術，預後非常好，甚至大便功能，雙下肢的運動、感覺基本上不受影響。
但有一些除了終絲牽拉以外，還合併有骶管脂肪瘤，以及骶神經發育不良，這些比較複雜的脊髓栓系的患兒，會產生一些後遺症和併發症，逐漸影響其大便的功能和雙下肢的運動感覺，還會引起下肢關節的改變，甚至出現畸形。