慢阻肺的病理改變主要包括慢性支氣管炎與肺氣腫的病理改變。慢性支氣管炎的主要病理改變包括支氣管上皮細胞的變性脫落。支氣管本身有很多纖毛，就像一個房間有很多掃把，可以通過纖毛的擺動將痰液等物質清出。但慢性支氣管炎患者的纖毛可能會脫落、變性、倒伏，出現沒有辦法進行清理的狀態。當然它裡面的粘液細胞和分泌腺體的細胞也會有變化，會有大量的炎症細胞堆積。慢性支氣管炎反覆發生會導致炎症下移，周圍均可能出現炎症改變，平滑肌束可發生反覆斷裂和修復，進而導致氣管重構。

氣管重構即氣管結構發生變化，會導致氣道的不完全可逆。肺氣腫的病理改變主要是終末細支氣管的異常擴張，導致肺泡過度膨脹，彈性纖維下降。所以慢性支氣管炎和肺氣腫都會導致慢阻肺的病理改變。