臨床上不明原因的肺栓塞與其它原因明確的肺栓塞的治療是相似的，只是原因明確的肺栓塞要針對病因治療，原因不明的肺栓塞治療分為兩大類：

第一、以抗凝治療為主，口服以利伐沙班為代表的新型抗凝藥物治療，一般口服抗凝藥要3-6個月。口服停止時要複查肺動脈CTA明確血栓是否存在，如血栓繼續存在，抗凝藥要繼續口服。

第二、對於急性不明原因的肺栓塞，特別是大面積的肺栓塞，患者有嚴重的臨床症狀，甚至出現危及生命的情況，要介入下進行肺動脈溶栓或者是吸栓，同時建議行下腔靜脈濾器植入術，防止下肢血栓進一步脫落而加重肺栓塞的症狀。有些腫瘤患者還可能因癌栓脫落造成肺栓塞，此時也應重視強腫瘤疾病的治療。