患者發生肺栓塞以後，機體啟動纖溶系統，醫生根據患者危險度分級採取溶栓抗凝治療。高危患者溶栓治療以後，血栓溶解。中、低危患者抗凝治療後，不再形成新的血栓。

機體啟動纖溶系統，會逐漸將血栓溶解。但有部分患者血栓溶解不完全、血栓機化或發生動脈炎，導致血管修復重建、狹窄，肺動脈的阻力增高，形成血栓栓塞性肺動脈高壓。這是溶栓治療不理想發生的後遺症。