患有風溼性瓣膜性心臟病的患者，最常見的心律失常就是心房顫動。在有風溼性心臟瓣膜病的患者中，如果合併有心房顫動，發生血栓栓塞的風險會明顯增加，由於心房不規律收縮，在心臟內，尤其左心耳位置，會容易形成血栓，血栓一旦脫落，會隨著血循環到達身體其他部位造成栓塞，其中最常見的栓塞就是栓塞到大腦動脈，引起腦栓塞。

風溼性心臟病的患者，出現房顫，發生栓塞的風險會明顯增加，對比沒有房顫的患者來說，栓塞風險高達17倍，而且與沒有心臟瓣膜病的房顫患者來說，栓塞風險更高。因此對於風溼性心臟瓣膜病，合併有房顫的患者，需要積極啟動華法林藥物口服進行抗凝治療，除非患者有使用禁忌症，否則都應該積極進行抗凝治療，監測凝血指標，把血栓栓塞的風險降到最低。