感冒眼睛不舒服有可能是感冒本身症狀，也可能是感冒後休息不好引起的。另外部分患者本身存在屈光不正，感冒期間可能會出現不適，也有可能是過敏或繼發眼部疾病等原因所致。建議及時就醫，明確疾病性質，並遵醫囑治療。

1、感冒本身症狀：感冒多由病毒感染上呼吸道引起，此時病毒可造成鼻咽喉等部位黏膜充血水腫，病毒亦會侵犯鼻淚管，導致分泌物增多，出現流眼淚、眼睛不舒服的現象，多伴有鼻塞、流鼻涕、打噴嚏等上呼吸道卡他症狀。此時可以多喝溫開水，口服複方氨酚烷胺片、感冒靈顆粒等藥物治療，隨著感冒病情的緩解，一般眼睛不舒服的現象也可以減輕或消失。

2、休息不好：感冒時患者因出現相關的感冒症狀，可導致睡眠質量欠佳，休息不好，因此可能會有眼睛及周圍出現酸脹刺痛感、用眼疲勞，有時還會伴有眼睛乾澀不舒服等症狀。應注意休息，避免勞累，積極治療感冒緩解相關症狀。

3、本身存在屈光不正：如果患者自身存在近視、遠視、散光等屈光不正的情況，感冒後眼睛流淚、分泌物增多，會加重不適感。建議適當休息眼睛，避免過度用眼，治療感冒的同時也可以對眼睛進行熱敷、穴位按揉，減輕不適。

4、過敏：感冒期間抵抗力降低，如果本身屬於易過敏體質，眼部接觸過敏原後可出現過敏反應，包括眼睛瘙癢、紅腫、起紅疹等症狀。建議遵醫囑選擇妥布黴素地塞米松滴眼液、氯雷他定片等藥物治療。

5、繼發眼部疾病：眼睛和鼻腔相通，感冒時因病毒或細菌刺激，炎症可能會通過鼻淚管擴散到眼睛，引起急性結膜炎，出現眼結膜充血水腫，有時可引起眼睛局部瘙癢、刺痛感、分泌物增多等現象。此時要前往眼科進一步診治，如病毒性結膜炎使用更昔洛韋滴眼液，細菌性結膜炎予以諾氟沙星滴眼液等治療。

綜上所述，感冒患者需要配合醫生積極治療感冒，另外還要注意用眼，避免過於疲勞。