細菌性心肌炎和病毒性心肌炎的區別是致病微生物種類不同，細菌性心肌炎常見感染病菌為念珠菌、葡萄球菌、白喉桿菌，而病毒性心肌炎一般是腺病毒感染。兩者在臨床表現上有時不好鑑別，可通過核酸檢測病毒或血培養檢測是否有細菌或病毒感染，從病原學上加以區分。

兩者症狀表現部分較典型，而部分較特殊，如暴發性心肌炎通常症狀較嚴重，類似於心肌梗死，可有胸悶、胸痛、大面積細胞壞死，後期可影響心肌收縮功能，患者常有血壓下降、神志喪失、神志模糊等。治療上，細菌性心肌炎通常採用抗感染藥物針對細菌感染，包括抗生素。而病毒性心肌炎早期可用抗病毒藥物，但最主要的治療措施是採用抗病毒、休息、營養心肌的治療。但暴發性心肌炎時治療較棘手，可採用激素如丙種球蛋白等，幫助患者度過最危險的免疫反應階段。所以無論是細菌性心肌炎，還是病毒性的心肌炎，需根據具體臨床狀況採取合適的治療方案。