心肌炎確診最好的辦法是通過心內膜活檢，即通過介入手段在心肌心內膜取心肌組織，取出後放入顯微鏡下進行觀察，判斷心肌組織的病理情況，是否有明顯的炎症反應。但由於心內膜活檢存在一定的風險，所以通常臨床上不開展。

目前對於心肌炎的診斷主要是依據患者症狀，以及心肌損傷標誌物升高或者存在感冒前期病史，綜合判斷是否為心肌炎。心肌損傷標誌物中最有價值的指標叫做肌鈣蛋白，肌鈣蛋白是心肌組織中特有的成分，只有在心肌損傷時才能釋放。而心肌損傷常見原因是心肌梗死、心肌炎，心肌炎患者通常發病有一定的特點，年輕人較為多見，在發生心肌炎之前的1-2周，會出現感冒的前期症狀，如流涕、咳嗽等，此外在必要時應進行冠脈造影檢查。