心肌炎治癒的時間與心肌炎嚴重程度相關，如輕型心肌炎可能14-30天可以得到治癒，如重症心肌炎或暴發性心肌炎，可能治癒時間較久，有可能數月，甚至1-2年可能被治癒，甚至可能從急性心肌炎轉變為遷延性心肌炎，甚至可能轉變為慢性心肌炎。

心肌炎的病程還有預後情況，主要根據心肌炎的病變嚴重程度進行恢復。大部分心肌炎經過積極識別並及早給予正確治療，大部分心肌炎患者預後較良好，比如暴發性心肌炎，因為起病急且進展比較迅速，早期容易出現電衰竭或泵衰竭，是兒童心血管內科的急危重症。同時如果一旦沒有早期的識別，會隨時出現惡性心律失常或心源性休克，隨時有生命危險，會導致心源性猝死。但如果經過早期識別，尤其是現在體外膜肺氧合(ECMO)早期在心肌炎的應用，大部分危重心肌炎經過綜合治療可以得到較好的恢復，甚至不遺留嚴重的心臟併發症。