亞急性甲狀腺的甲減時期維持1-2個月左右，每個人的情況不一樣，病情比較重的患者，甲減時期的持續時間更長。但是無論持續多長時間，亞急性甲狀腺炎導致的甲狀腺功能減退，患者的甲狀腺功能最終都會逐漸恢復到正常水平，不用口服優甲樂替代治療。

但是臨床上也見到部分亞急性甲狀腺的患者，最後發展成為永久性的甲狀腺功能減退。這部分患者同時合併血中的甲狀腺球蛋白抗體，或者甲狀腺過氧化酶抗體水平升高，實際上是橋本氏甲狀腺炎合併亞急性甲狀腺炎。