亞甲炎後期炎症消失以後可出現一過性的甲減，一般持續6-8周，極少數形成永久性的甲減。亞甲炎的總病程大概2-4月，有的病程可以持續1年甚至更長的時間，部分患者的亞甲炎可以反覆發生。

亞甲炎是以病毒感染有關的一種自限性甲狀腺炎，絕大多數可以治癒且預後良好，一般不遺留甲狀腺功能減退症，輕型患者僅需應用非甾體抗炎藥，如阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等減輕疼痛的症狀。中、重度的患者可給予激素治療，能夠明顯緩解甲狀腺疼痛。針對甲狀腺毒症的表現可以給予普萘洛爾，針對一過性甲減可以適當給予左甲狀腺素進行替代治療。