新生兒甲減，需要給予左甲狀腺素鈉片替代治療。治療的目標是將血清促甲狀腺激素和甲狀腺激素水平，恢復到正常範圍內。現在臨床上一般不採用甲狀腺片，因為甲狀腺片是動物甲狀腺的乾製劑，因其甲狀腺激素含量不穩定和T3含量過高已很少使用。

左甲狀腺素鈉片替代治療的一日總量，大約為2.0μg（kg/d）；一般從小劑量開始，每2-3周複查1次甲功，以瞭解甲狀腺激素水平和促甲狀腺激素水平，然後根據複查的甲狀腺激素水平，調整左甲狀腺素鈉片的劑量，直到達到治療的目標。治療達標後，需要每2-3個月複查一次甲功以調整劑量。