橋本甲狀腺炎中醫可以分為早、中、晚三期辨證論治。早期多數肝鬱氣滯、氣陰兩虛證型，可分別給予疏肝理氣、益氣養陰，兼以消癰散結治療；而中期的多為痰結血瘀型，治療方法以化痰活血、軟堅散結為主；而在晚期多數脾腎陽虛型，治法以溫補脾腎為法。

通過中醫藥治療橋本甲狀腺炎，其優勢在於可以通過辨證論治改善臨床症狀，調節臟腑機能和免疫機能，能夠使甲狀腺抗體轉陰，從而緩解橋本甲狀腺炎的發展。