正常情況下，在正規醫院做腸鏡一般不會交叉感染，醫院常規有消毒科，所有使用器械都是消毒滅菌合格後才會投入使用，國家衛健委與院方對醫院感染的控制非常嚴格。醫院為預防交叉感染主要有兩項主要措施：

1、根據國家衛健委規定，醫院必須完善患者術前或檢查前傳染性指標的常規檢查，通常包括乙肝、梅毒、艾滋病和丙肝，檢查結果顯示陰性，才會繼續進行手術或檢查。若是陽性，有條件的醫院會在檢查及手術後對鏡子使用特殊的消毒方法進行消毒。沒有特殊消毒方法的醫院會將患者介紹到有特殊消毒方法的醫院進行檢查；

2、醫院嚴格遵守執行《醫院感染管理制度》，檢查涉及所有一次性物品使用後會按照醫療垃圾回收處理，檢查所用非一次性器具會進行嚴格的消毒滅菌，操作檯、操作室在每次使用後也會嚴格消毒滅菌、紫外線燈照射。

綜上所述，在正規醫院進行腸鏡檢查時，如果消毒措施完善，一般不用擔心交叉感染。另外，做腸鏡檢查前，應嚴格遵醫囑進行相關檢查，避免有發生交叉感染的可能。