腸結核的治療時間與肺結核相似，早期發現並及時進行規範的抗結核治療，謹遵醫囑，堅持規律服用藥物，大多數患者可以治癒。一般情況下需要治療6-9個月，有的患者甚至需要治療1年以上。

目前在臨床上腸結核首選化學藥物進行治療，合併腸出血、腸穿孔以及腸梗阻等情況，可能需要進行手術治療。腸結核常用的治療藥物包括異煙肼、利福平、乙胺丁醇、鏈黴素等。對於初治患者標準化療方案的持續時間通常為6個月，分為2個階段，即2個月的強化期和4個月的鞏固期；復治患者標準化治療方案通常為8個月，也分為2個階段，3個月的強化期和5個月的鞏固期治療，在治療過程中醫生可根據患者的具體用藥情況適當進行調整。患者抗結核治療過程中需要每1-2周複查一次血常規、肝功能、腎功能、血尿酸等，觀察藥物的毒副作用，每1-2個月複查鋇餐透視、腸鏡，以判斷藥物的療效。

早診斷、早治療，以及合理選擇抗結核藥物，保證足量、足療程治療，是決定預後的關鍵。當病變早期及時治療後可痊癒，一般預後良好，不會影響壽命；若伴有嚴重併發症，一般預後較差。患者在生活中還要注意少食多餐，多進食軟爛、易消化、有營養的食物，以米麵為主，適量補充蛋白質，不要吃果仁、辣椒等食物，戒菸酒。