大部分病毒性心肌炎經過積極處理後都能夠治癒，患者可以不遺留任何症狀或不適。但如果在心肌炎急性期出現了嚴重併發症比如心衰、心律失常、惡性心率失常或心源性休克，則可以直接導致患者死亡。一部分心肌炎會轉變為慢性心肌炎，對心臟造成持續損害，並且會遺留心律失常或伴有心電圖不正常的改變，還有部分病毒性心肌炎還可轉變成為擴張型心肌病。