預防病態竇房結綜合徵主要從病因入手，病竇原因主要是供血減少、代謝減退、病毒感染和心肌炎等，若有以上情況，需積極控制原發病。其次建議患者慎重應用影響竇房結功能的藥物，如β-受體阻滯劑、倍他樂克，洋地黃類藥地高辛和降壓藥維拉帕米能引起竇房結功能下降、心率減慢，兩者也應慎重應用。同時，改善生活方式，起居有度、改善飲食、適量活動，保持平穩心態，有利於預防病竇綜合徵。最後，積極治療可最大限度減少病竇的嚴重後果。