舌咽神經痛和三叉神經痛均是顏面部疼痛，兩者在臨床症狀上有較多相似，如疼痛性質相似，主要的症狀區別有以下幾種：

1、疼痛部位：舌咽神經痛的疼痛部位分佈在咽喉深部，為舌根部疼痛。三叉神經痛主要疼痛部位，表現在牙痛和顏面部疼痛。牽扯到舌頭時，三叉神經痛的位置更靠前，而舌咽神經痛更靠舌根部位，患者可從疼痛位置進行區別；

2、誘發因素：舌咽神經痛和三叉神經痛的發作均有一個扳機點，即誘發因素，舌咽神經痛時，疼痛通常是由於吞嚥動作誘發，例如喝水、吃飯時，做吞嚥動作可以誘發疼痛。三叉神經痛誘發，最常見的是對顏面部的觸碰，例如洗臉、刷牙時誘發疼痛。說話和吃飯也可能導致三叉神經痛發生，其區別在於吃飯時張嘴動作剛起始時，還沒到吞嚥動作時，三叉神經痛就已經誘發。

通常臨床上還有部分患者，是舌咽神經痛與三叉神經痛同時發作、同時患病。所以有時還有其它因素，較難鑑別，這種情況下建議找有經驗的醫生進行鑑別。