三叉神經痛做CT不能查出，只有要明確三叉神經出顱孔道大小、形態，如卵圓孔大小、形態時需要做CT觀察孔道大小，其它情況不建議做CT檢查。CT對三叉神經痛診斷的幫助不大，三叉神經痛的位置在後顱窩，此時因有骨和神經組織重疊，CT的分辨率不夠，檢查效果較差。

三叉神經痛診斷主要依靠臨床病史，如患者主訴某部位疼痛但無法用任何方法檢查，但三叉神經痛患者可以做核磁共振檢查。