如果是有確切原因的癲癇，癲癇手術後復發需明確具體原因。如果是顱內腫瘤手術後開始頻繁出現癲癇，可能存在腫瘤復發或存在局部瘢痕灶切除不充分。如果原發性癲癇手術後仍存在癲癇發作，可能存在手術前癲癇灶定位偏差，導致癲癇灶切除不充分，術後仍存在廣泛放電。

原發性癲癇致癇灶如果定位不準確，左右側半球定位不準確，例如是左側病灶，切除右側，術後癲癇灶沒有得到有效控制，手術後可能繼續加重。若定位左右側準確，但癲癇灶範圍廣泛，這種原因常常因癲癇灶可能牽扯到功能區，切除後導致病人失語或偏癱。手術首先要保證功能，在保證功能的前提下切除癲癇灶，但可能牽涉到術後導致的復發，這種情況在原發性癲癇較為多見。

很多手術效果不佳的病人，往往是切除不夠充分或定位出現偏差導致，需長期服藥治療，常見情況是手術後早期癲癇加重，為正常現象，在手術後口服一段時間藥物後即可得到明顯緩解，因為手術對癲癇灶刺激可導致早期癲癇加重。