引起小兒癲癇的原因較為複雜，分為內在因素跟外在因素，主要包括以下幾點：

1、遺傳因素，是目前公認最多的因素；

2、結構性因素，即大腦結構異常，如巨腦回畸形或海馬硬化引起的癲癇；

3、疾病因素，如遺傳性代謝性疾病，實際也是一種遺傳疾病，小兒癲癇是全身性疾病中腦部表現。再就是感染性疾病，它的外在性因素較多，是一種症狀性的表現；

4、除外上述幾方面所引起的小兒癲癇，也考慮是繼發性疾病引起，但就目前檢查手段，對病因不明確的疾病，稱為隱源性癲癇。