兒童癲癇的首選治療方法為藥物治療，有1/4的患兒不治療也會好轉，這種為良性癲癇。良性癲癇裡有一部分患兒隨著年齡增大不再發作，但是多數癲癇患者需要藥物治療。

治療癲癇的藥物有多種，有不同的作用機制，需根據發作類型選擇合適的藥物，並持續用藥，至少需要服藥3-5年，不可隨意停藥。如果在服藥期間病情穩定、沒有發作，則無需調整藥物。如果患者在服藥過程中有一定發作，還要調整藥物，如果使用2-4種藥物經過1年都無法控制癲癇，可以在腦內能找到真正病灶時，如海馬硬化、佔位、皮層發育不良等結構性異常，此時需考慮手術，但多數患者手術後還需要一定的藥物治療。因此，兒童癲癇的治療方法首選藥物，藥物治療難以控制時才會考慮手術、特殊飲食或者其它治療方法。