間歇性頭痛原因較多，與頭痛的原因幾乎相同，因為多數頭痛都是間歇性或陣發性，具體原因如下：

1、原發性頭痛：包括偏頭痛、叢集性頭痛和緊張性頭痛，除緊張性頭痛是持續性外，偏頭痛和叢集性頭痛都為間斷陣發性；

2、繼發性頭痛：繼發性頭痛有明確病因，如頭部病變，突發性腦出血或腦腫瘤，通常都會出現陣發性頭痛。部分小孩或青少年癲癇發作時有發作性頭痛，為特殊形式。眼部疾病，尤其是青光眼會造成陣發性眼壓升高以及視力下降，同時伴有陣發性頭痛。另外神經性頭痛，前半部分神經性頭痛應該屬於三叉神經痛，後半部分神經性頭痛屬於枕大神經痛。全身性疾病包括高血壓，陣發性血壓升高和陣發性血壓下降，都會造成間斷性頭痛。