對於口腔潰瘍所導致的頭痛，患者應積極治療口腔潰瘍，以減輕由疼痛所導致的頭痛等其他不良以及不適症狀，必要時可服用止痛藥物或使用針刺、外敷等方式緩解頭痛。口腔潰瘍是局部口腔黏膜疾病，但由於疼痛程度或疼痛面積使單側神經和血管過於緊張，長時間可能會出現明顯頭痛或頭暈等徵象和表現。此時患者不用過於緊張，可選擇維生素類藥物針對性地治療口腔潰瘍，同時可多攝入多汁、多液的瓜果和蔬菜及富含膳食纖維的雜糧，對於口腔潰瘍治療有所幫助。

此外，患者還可選擇熱敷、針刺，或使精神放鬆方式緩解頭痛。如果頭痛劇烈，則需積極服用止痛類藥物以放鬆神經，同時患者還需保持心情平緩，避免由於疼痛而導致血壓升高。另外，患者需注意口腔潰瘍可能與白塞氏綜合徵等血液疾病相關，不能由於口腔潰瘍屬於小病而忽視，應給予關注和積極治療。