少陰頭痛位置一般不固定，可在全頭，亦可在頭的某一處，通常是人較虛弱或虧耗體質所導致，故應注意身體養護。少陰頭痛通常以精血不足或陽虛感寒為主要病機，因精血不足、腎精虧虛，均不能濡養腦竅，故引起少陰頭痛。

腎主骨，生髓，上通於腦，腦竅滋養依賴於腎精和腎氣，若腎精精血不足，可導致頭部發生溼癢現象，出現頭重以及頭重如裹、頭部昏蒙或頭痛等症狀。另外陽虛，即陽氣虛衰、腎陽不足，可使人易被寒邪侵襲，而寒邪侵襲頭部時可出現少陰頭痛。故在治療少陰頭痛時應滋補腎精，培補腎血，增加腎的陽氣和溫煦功能。