腦炎手術後的生存時間，主要取決於患者炎症控制的情況。若手術後腦部的瀰漫性炎症能得到較為有效的控制，此類患者也有望獲得長期生存。若通過神經外科手術，將腦部局部的炎症進行控制，但腦部的大面積水腫性炎症仍在進展，患者也可能會在手術後幾周內危及生命。對於腦炎形成腦膿腫的患者，及時進行手術後，應進行4-8周的抗炎治療。若腦部其他部位的炎症得到有效控制，患者有望獲得長期生存。

對於急性水腫性的腦部炎症，有時無需進行神經外科手術治療，通過選用足量且敏感的抗生素，患者有希望得到明顯控制。對於腦炎引起的大面積腦水腫，患者出現明顯顱內壓增高，有時需進行顱骨的去骨瓣減壓，以降低患者顱內壓，使患者病情得到更好的控制。部分患者由於腦炎繼發腦膿腫，會產生較明顯的佔位效應，此時需考慮進行膿腫的穿刺引流，或膿腫切除等神經外科手術。