新生兒腦炎治癒率與感染的病原體、是否得到及時、有效的規範治療有關，早期腦炎經過有效、規範的治療後，治癒率可以達到90%，主要針對臨床表現是輕中型，而且顱腦影像學無嚴重的病灶的情況。對發生顱腦損傷，產生病理性壞死病灶的部分新生兒，可能腦炎治癒率會下降到60%-70%。

在新生兒發生腦炎後，應及早到醫院就診，儘早明確病原體，為後續針對性的治療提供臨床依據。如果是病毒性腦炎，需要應用足量、足療程的抗病毒藥物。新生兒腦炎比較常見的是細菌性腦膜炎，病原體包括金黃色葡萄球菌、革蘭氏陰性桿菌等。在經過腦脊液檢查確診後，一定要在24小時內，使用足量、有效的殺菌抗生素，殺滅腦脊液中的病原體，較高程度地提高治癒率。