病毒性腦炎為病毒侵犯神經細胞引起炎症、水腫、壞死等改變，多數屬於自限性疾病。病情輕重不等，輕者可自行緩解不會留下任何神經系統後遺症。少數病情危重患者，尤其單純皰疹病毒腦炎者，可以出現腦實質嚴重受損、預後較差，多數可遺留神經及精神異常，也可出現運動障礙、癲癇、視覺、聽覺功能受損及智力低下、反應遲鈍，易導致死亡或遺留嚴重後遺症。

此外病毒性腦炎預後還與多種因素相關，如病情嚴重程度、患者自身免疫力及治療及時與否，越早治療預後越好。同時感染的病毒不同，病情嚴重程度也不同，所以預後因人而異。