無菌性腦炎如果治療及時、恰當，絕大部分可以治癒。無菌性腦炎是指病因不明的腦炎，絕大部分都是由病原體感染引起，最常見的是病毒感染。隨著目前檢測技術不斷提高，尤其是分子生物學技術的臨床應用，無菌性腦炎一般可以找到致病的病原體。

無菌性腦炎絕大部分都是由於病毒感染引起，隨著科研、科技進步，研發的抗病毒藥物逐漸增多，對症支持處理手段不斷豐富。另外，目前針對合併症、併發症處理手段也較豐富。