腦炎後遺症一般會在6個月時顯現，但不一定所有腦炎患者都會有後遺症。輕症腦炎一般不遺留後遺症，腦炎後遺症多發生在重症腦炎患者，此類患者神經影像學如頭部磁共振等檢查可見結構性異常，如腦軟化、膠質增生等。

常見的腦炎後遺症包括語言障礙、意識障礙、認知障礙、運動障礙、吞嚥障礙、視聽功能障礙、症狀性癲癇及精神行為異常等。腦炎患者恢復期一般為1-3個月，前6個月都屬於恢復期，恢復期積極治療可減少後遺症的發生，因此臨床工作中需要注意早期識別、早期處理、早期康復訓練。