重症腦炎典型臨床表現一般可以分為四期，包括初期、極期、恢復期及後遺症期。重症腦炎患者恢復期一般為1-3個月，甚至6個月左右。絕大多數重症腦炎患者會留下一定後遺症，如果發病6個月後仍然有神經系統功能缺損，稱為後遺症期。常見後遺症包括語言障礙、意識障礙、認知障礙、運動障礙、吞嚥障礙、視聽功能障礙、症狀性癲癇及精神行為異常等，此類症狀可能要伴隨患者終身。

重症腦炎多起病急驟、進展迅速、高熱不退，迅速出現意識障礙、頻繁驚厥，甚至出現呼吸衰竭，此類患者還常伴隨局灶性神經功能障礙。重症腦炎一般是由病毒感染引起，如單純皰疹病毒、流行性乙型腦炎病毒都是常見病原體，臨床工作中需要早期識別、早期處理、早期康復訓練。