臨床以6個月為期限，如果6個月腦炎不能痊癒，需要考慮可能出現後遺症。腦炎後遺症是因為急性期腦損傷引起，因此經驗豐富的醫師即使在急性期對腦炎患者進行充分檢查以後，很快可以預判今後有無後遺症，例如繼發性癲癇通常是因為有腦細胞受損或腦軟化灶形成，智力低下也是因為腦損傷嚴重，腦積水是因為腦膜炎較嚴重導致腦脊液循環梗阻和障礙等。

醫師發現異常後會積極對症治療，儘量減少後遺症。但經過急性期治療以後高危因素如果不能排除，後遺症不可避免。