普通腦炎在治療過程中使用激素一般為短期、小劑量，在醫師正確指導下通常無明顯副作用。特殊腦炎可能需要大劑量或長期使用激素，可能出現副作用，主要包括以下幾點：

1、急性期大量使用可以降低抵抗力容易引起感冒或原有感染擴散；

2、可以影響鈣質吸收導致骨質疏鬆，嚴重會有股骨頭壞死；

3、可以出現高血壓、高血糖、水腫、電解質紊亂等；

4、可以出現胃潰瘍引起胃痛；

5、長期使用激素還可以出現庫欣綜合徵，表現出滿月臉、毛髮增多、脂肪向心性分佈，同時影響身高。

所有副作用在醫師嚴密監測下很大程度可以避免或減輕，停藥以後大部分可以恢復正常。