通常病毒性腦炎治癒的時間是14天左右，在14天急性期治療使病情較穩定後，後期可做高壓氧治療。對於危重病人，若細胞損傷較嚴重，常可進入昏迷期而成為植物人，甚至有生命危險。部分病人昏迷時間較久，急性期後植物人狀態可持續多年。

所以病毒性腦炎常規狀態下一般10-14天即可治癒，因為抗病毒治療時間一般是進行2周。針對病人情況減輕，尤其應用治療細胞水腫的神經細胞保護藥物、脫水藥物等，治療後期常遺留神經功能缺損表現，部分病人可出現偏癱、偏身感覺障礙、講話不流暢。還有部分病人可出現認知功能、記憶力下降、溝通出現障礙等，常建議後期做高壓氧進行康復。