兒童病毒性腦炎的主要治療方法是對症支持治療以及抗病毒治療。對於病毒性腦炎的患兒，通常情況下表現症狀較輕，僅出現發燒、頭疼、精神狀態較差、腦電圖異常等，且治療3-7天后症狀明顯緩解，無需通過較多的抗病毒藥物或營養支持藥物進行治療。另外，兒童病毒性腦炎有自限性、自愈性，家長無需過度緊張，也無需進行過度治療。

對於病情較危重的患者，會表現出嚴重的意識障礙或驚厥，此時需要積極診治。建議患兒檢查特殊的病毒，如單純皰疹病毒、腸道病毒、流感病毒，若明確病毒類型，則可進行抗病毒治療。對於流感患兒可採取相應的藥物進行治療，而對於存在單純皰疹的患兒，可以用阿昔洛韋、更昔洛韋等藥物進行治療。患者在進行抗病毒治療後，需配合對症支持治療，屬於預後的關鍵，比如止痙、降顱壓等，並且可以進行調節免疫的治療。因此，病毒性腦炎的預後與病因相關，患者應以對症支持治療為主，而以抗病毒治療為輔。