無論是小嬰兒還是兒童，腦炎的預後都與感染病原體、感染部位，是否存在併發症、是否合併其它部位感染、治療是否及時以及患兒本身免疫狀態等密切相關。病毒性腦炎相對治癒率較高，化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎相對治癒率不及病毒性腦炎。

部分腦炎可以遺留後遺症，如癲癇、視力損傷、聽覺損傷，失語、肢體癱瘓、認知功能障礙、智力低下等。癲癇發作可以通過正規治療控制症狀，甚至可以達到臨床治癒的效果。部分後遺症如肢體癱瘓、認知功能障礙，通過一定程度的訓練、康復，可以改善患者生活質量。較少見的腦炎，如流行性乙型腦炎、流行性腦脊髓膜炎，起病相對兇險，病死率較高，治癒率就相對更低。