腦炎一般是由於人體受到某些病毒、細菌、結核、真菌、寄生蟲等感染所引起的腦部炎症反應，主要包括腦實質炎症以及腦膜炎症等，如隱球菌引起的隱球菌性腦炎或腦膜腦炎等。大部分腦炎不會傳染，如自身免疫性腦炎等，即體內產生某些由於感染或者其它原因產生的抗體，抗體識別錯誤，識別自身腦部組織所導致。

若由朊病毒或者朊蛋白感染引起的腦炎，如克雅氏病等，則具有一定的傳染性，在臨床上應注意隔離，尤其是腦脊液或者患者體液的隔離，醫患之間或者家屬之間均應適當進行隔離。但一般不會通過呼吸傳染，大部分均通過體液傳播。