大腦炎後遺症有可能無法治好，只要是神經系統後遺症，代表疾病經過一段時間治療及康復後，再也不能恢復。任何後遺症都有一段時間的觀察期，比如有器質性腦損傷疾病，出現神經功能缺失性症狀，大概需要觀察1年。1年內能夠恢復好轉便可臨床診斷痊癒，若超過1年神經功能缺損性症狀無法恢復，則叫做後遺症，意味著會終身遺留，無法治好。

大腦炎是腦細胞遭到微生物侵襲導致，會產生癲癇、認知功能損傷，也可導致各種感覺、運動、語言功能下降。如果存在後遺症，可能會終生存在不可治癒的症狀。