手足口病引起腦炎可能遺留不同後遺症，如癲癇、智力發育障礙、情緒障礙、運動功能障礙、聽力障礙等。腦炎繼發癲癇需要接受抗癲癇藥物治療，多數患兒可以控制癲癇發作，需要定期複查，遵守醫囑用藥。部分患兒抗癲癇藥物療效較差可以考慮生酮飲食、迷走神經刺激術、癲癇外科手術治療等。智力發育障礙者需要接受康復治療或特殊教育；情緒障礙者需要心理科和精神科醫生協同參與診治；運動障礙者控制嚴重程度需要康復治療，良好的護理也非常關鍵；聽力障礙者需要五官科醫生共同參與診治，甚至需要配戴助聽器。

手足口病引起腦炎可遺留不同後遺症，輕重程度不同，重者可能需要鼻飼餵養、呼吸機輔助通氣，輕者症狀輕微不影響正常學習和生活。不能一概而論，需要根據具體病情請相關科室協同共同治療，以最大可能提高患兒生活質量。總之，手足口病合併腦炎早期積極治療大多預後良好，不一定存在後遺症，但少數患者可以遺留有不同程度後遺症。