腦炎，比如病毒性腦炎，大部分患者的預後較好。法國通過對較多腦炎患者的研究，發現超過60%的患病毒性腦炎患者，結局較好，無遺留症狀，可以完全恢復到之前的生活，大概4%的患者可能症狀較重，大概1%的患者比較危險，甚至會發展為植物人。對於大多數人，如果早期發現，及時給予診斷和治療，大約一半的患者預後較好，不會影響壽命。

腦炎比較嚴重的後遺症有注意力集中較困難，可能會遺留有認知或者行為能力的受損，但半數以上的患者都有較好的預後。因此包括腦炎在內的任何疾病，都應該早期診斷，及時進行治療。