流行性甲型腦炎屬於病毒性腦炎，目前並沒有針對性特別強的抗病毒藥物。對於病毒性腦炎，更多是給予積極支持和營養治療。如果患者出現腦細胞水腫情況，可以給予脫水降顱壓治療；其次是改善患者的營養狀況，增強抵抗力進行治療。

現在針對性的抗病毒藥物並不多，對於這類病毒性腦炎並沒有特效的藥物，所以鼓勵平時積極的進行運動，增強自身的抵抗力，可能才是抵禦這類病毒性腦炎比較好的防禦方式。對於病毒性腦炎，更多是對症治療。如果有併發癲癇的患者，可能會給予抗癲癇藥物治療繼發性的癲癇；還應該減輕腦水腫，保護腦細胞，對腦細胞進行適當的營養支持治療。