腦炎是腦膜或者腦實質的中樞神經系統感染，所以會有牽扯樣頭痛，一般以鈍痛為主，嚴重者會有劇烈頭痛，伴有噁心、嘔吐，患者多有腦膜刺激徵或者顱內壓增高情況。

腦炎頭痛一般是持續性，只不過有時輕有時重，與偏頭痛、緊張性頭痛或者叢集性頭痛的頭痛性質不同。如果頭痛在後枕部較明顯，躺著睡時抬頭就痛，要考慮是不是腦炎。