腦炎治療時期與病毒感染毒力、患者情況、感染類型都密切相關。通常治療時間需2-4周，也就是在2-4周內臨床症狀緩解，達到臨床痊癒，一方面和病毒感染程度、類型、毒力，患者本身抵抗力都密切相關，所以痊癒時間是個體化。通常建議中樞神經系統治療時間一定要足量、足療程，病毒感染引起的腦炎至少治療應當3周以上；如果是結核性腦炎，療程可能更長；還有其它特殊感染，比如布氏桿菌感染，治療週期可能要半年以上；還有黴菌等感染，要達到病毒轉陰，臨床痊癒可能需半年，甚至更長時間。