腦幹腦炎是腦幹發生炎症，廣義範疇屬於病毒性腦炎。臨床表現如眼肌麻痺、眼球活動障礙，有沒有發熱、頭疼、意識障礙、錐體束、吞嚥困難、飲水嗆咳、構音不清、聲音嘶啞，因臨床特徵較特殊，所以單獨列出。腦幹腦炎稱為Bickerstaff腦幹腦炎，可發生於任何年齡，青壯年較多見。前驅感染症狀常不重，有部分學者歸為急性播散性腦脊髓炎或多發性硬化。目前，腦幹腦炎可單獨列出來，預後較重，因波及多個顱神經，有時也稱作多顱神經炎。常侵襲面神經、動眼神經、外展神經等，預後常不佳，治療以丙球蛋白和激素為主。